เมื่อวันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2569 ศาลปกครองกลาง อ่านคำพิพากษาในคดีที่ ดร.อุษณีย์ ปฐพีศรีกิจส เลิศรัตนานนท์ อาจารย์ประจำวิทยาลัยนานาชาติปรีดี พนมยงค์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ซึ่งอ้างว่าเป็นหนึ่งในผู้ได้รับผลกระทบ ยื่นฟ้อง คณะกรรมการการเลือกตั้ง และพวกรวม 2 คน กรณีการเปิดลงทะเบียนออกเสียงประชามตินอกเขตเลือกตั้งเป็นไปอย่างกระชั้นชิด และเกิดปัญหาระบบเว็บไซต์ล่ม

ผู้ฟ้องระบุว่า มีประชาชนกว่า 800,000 คน ที่สามารถลงทะเบียนเลือกตั้งล่วงหน้านอกเขตได้ แต่ไม่สามารถลงทะเบียนออกเสียงประชามตินอกเขตได้ทัน เนื่องจากกำหนดระยะเวลาเพียง 3 วัน (3–5 มกราคม 2569) ส่งผลให้ประชาชนจำนวนมากไม่สามารถใช้สิทธิออกเสียงประชามติ และอาจถูกตัดสิทธิทางการเมืองบางประการตามมาตรา 24 แห่งพระราชบัญญัติว่าด้วยการออกเสียงประชามติ พ.ศ. 2564 จึงขอให้ศาลมีคำสั่งให้เปิดลงทะเบียนเพิ่มเติม

นอกจากนี้ ยังมีอีกคดีหนึ่งเกี่ยวกับผังการจัดหน่วยเลือกตั้งที่พ่วงการออกเสียงประชามติ ซึ่งกำหนดให้ประชาชนต้องแสดงตน 2 รอบ เพื่อรับบัตรเลือกตั้งและบัตรประชามติแยกกัน ทำให้เกิดความซับซ้อนและอาจกระทบต่อสิทธิทางการเมือง โดยมีการขอให้ศาลสั่งถอนระเบียบดังกล่าว และขอทุเลาการบังคับใช้เป็นการเร่งด่วน

อย่างไรก็ตาม ศาลปกครองกลางพิจารณาแล้วเห็นว่า กกต.ได้ดำเนินการตามระเบียบและขั้นตอนที่กฎหมายกำหนด พร้อมทั้งจัดให้มีช่องทางลงทะเบียนออกเสียงประชามตินอกเขตถึง 3 ช่องทาง จึงพิพากษายกฟ้องทุกคำขอ